1993年にスタートした大ヒットTVシリーズ「X-ファイル」の映画化第2作。監督・脚本は、前作に引き続きTVシリーズの生みの親であるクリス・カーター。FBIの名コンビ、モルダーとスカリーは、ある女性エージェントが謎の失踪を遂げたことで捜査協力を要請される。事件の鍵を握る神父ジョーは透視能力を持ち、聖職者とは思えない過去を持っていた……。対立しながらも協力して捜査を進める2人は、事件の核心とジョーをめぐる驚愕の真実に迫る。